海关总署于2022年6月3日发出的第2054/TCHQ-GSQL号公文，对出口货物电子发票的开具时间作出如下指导: 

根据2020年10月19日政府第123/2020/ND-CP号法令第13条第3款第B点和第C点的规定,出口货物开具增值税发票的依据是出口货物委托出口时，以货物实际出口并经海关认证后，或者在办理出口货物报关员申报手续后，已按出口货物服务抵扣办法缴纳增值税。

根据上述规定，出口货物增值税发票的开具时间为报关员办理完出口报关手续后。因此，在对出口货物进行清关时，报关员不能开具增值税发票并在海关档案中提交。  

因此，制作电子发票是根据越南法律进行的，而国际贸易中的发票则是根据国际惯例进行的.这两类发票的开具时间不同:商业发票开具时间在清关之前，电子发票开具时间在后。因此，海关总署不能指示报关员在出口海关档案中提交电子增值税发票以完成海关手续。