Tại điều 5 của Luật số 48 – “Đối tượng không chịu thuế” có quy định: Khoản 1 là về sản phẩm chăn nuôi, và khoản 3 là về thức ăn chăn nuôi. Chúng ta cần phân biệt sản phẩm chăn nuôi và thức ăn chăn nuôi. Sản phẩm từ chăn nuôi là những sản phẩm có được sau quá trình chăn nuôi, các sản phẩm này là các loại gia súc, gia cầm, thủy hải sản như heo, gà, bò.. – các sản phẩm này được quy định khác. Còn thức ăn chăn nuôi là các loại thực phẩm dùng cho các gia súc, gia cầm, thủy hải sản ăn trong quá trình chăn nuôi – kinh doanh thức ăn chăn nuôi được quy định khác sản phẩm chăn nuôi ở trên.

    Đối với thức ăn chăn nuôi, thức ăn thủy sản thì khá đơn giản, tại khoản 3 điều 5 Luật số 48 quy định kinh doanh thức ăn chăn nuôi, thức ăn thủy sản là thuộc đối tượng không chịu thuế. Nếu doanh nghiệp chỉ kinh doanh thương mại thức ăn chăn nuôi, thức ăn thủy sản, tức là chỉ mua đi bán lại thì không cần giấy phép có điều kiện. Nhưng nếu doanh nghiệp kinh doanh sản xuất thức ăn thủy sản, chăn nuôi thì cần có giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất do cơ quan chức năng cấp thì mới được tính là không chịu thuế.

    Đối với các sản phẩm từ chăn nuôi thì được quy định tại hai mục. Một là tại khoản 1 điều 5 Luật số 48, và hai là mục d khoản 2 điều 9 Luật số 48. Theo khoản 1 điều 5 Luật số 48 thì “sản phẩm chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu là thuộc diện không chịu thuế”. Theo mục d khoản 2 điều 9 Luật số 48 thì “sản phẩm chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường trừ các sản phẩm quy định ở khoản 1 điều 5 thì chịu thuế 5%”.

   Như vậy đối với sản phẩm chăn nuôi chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế của các cá nhân hoặc tổ chức trực tiếp tạo ra sản phẩm bán đi thì thuộc đối tượng không chịu thuế theo khoản 1 điều 5. Nhưng những sản phẩm này sau đó bán tiếp thì chịu thuế 5% theo mục d khoản 2 điều 9. (trước đây trong quy định cũ của TT 219 thì mục này thuộc diện không phải kê khai khấu trừ thuế, nhưng nay theo Luật số 48 thì mục này chịu thẳng thuế 5%)

   Để rõ hơn chổ này ta có thể xem xét quy trình sau: Người trực tiếp chăn nuôi hay Công ty trực tiếp chăn nuôi A bán sản phẩm chăn nuôi là heo thành phẩm cho Công ty B thì A sẽ xuất hóa đơn cho B theo diện không chịu thuế (theo khoản 1 điều 5 Luật 48). Sau đó nếu B tiếp tục bán sản phẩm này cho C thì B phải xuất hóa đơn cho C là 5%. (theo mục d khoản 2 điều 9 Luật số 48).